پس از آنکه روز ۲۴ فروردین، گروهی از روحانیون شیعه در شهر هرات، در اعتراض به حمله به کنسولگری ایران در آن شهر تجمع کردند، طالبان شماری از آنان را بازداشت کردند. این افراد که شامل سید عبدالله نایاب، رئیس دفتر مرکز فعالیت‌‎های فرهنگی تبیان، مهدی علی‌زاده مسئول بخش علمای تبیان، شیخ اشتری و شیخ دایی نظر از اعضای شورای علمای شیعه هرات‌اند، هنوز در زندان طالبان به سر می‌برند و از وضعیت آنان خبری در دست نیست.

همزمان با بازداشت این افراد، شماری از اعضای مرکز فعالیت‌های فرهنگی تبیان در کابل، ورودی سفارت ایران را گلباران کردند. ۲۶ فروردین و دو روز پس از گلباران شدن ورودی سفارت جمهوری اسلامی ایران در کابل، عاملان این اقدام نیز با واکنش تند طالبان مواجه شدند. طالبان یارمحمد رحمتی، رئیس دفتر تبیان در شهر کابل، را که این برنامه را سازماندهی کرده بود، بازداشت کرد و او یک هفته در زندان این گروه بود. او ۲۱ آوریل از زندان آزاد شد و در یک ویدیو از طالبان عذرخواهی کرد.

یک منبع در مرکز فعالیت‌های فرهنگی تبیان به ایندیپندنت فارسی گفت با وجودی که یارمحمد رحمتی، مسئول دفتر این سازمان در کابل، از طالبان عذرخواهی کرد، اما سید عبدالله نایاب، رئیس دفتر این مرکز در هرات، با ۶ نفر از اعضای این سازمان که همه آخوندهای هراتی‌اند، هنوز در زندان طالبان‌اند. اتهام این افراد، برگزاری تجمع برای حمایت از دولت ایران و تقبیح حمله معترضان به کنسولگری ایران در شهر هرات است. جمعی از معترضان خشمگین، ۲۲ فروردین در مقابل کنسولگری ایران در هرات جمع شدند و با پرتاب سنگ و آتش زدن ورودی کنسولگری، به افزایش خشونت علیه مهاجران افغان در ایران، اعتراض کردند.

یک منبع آگاه در مرکز فعالیت‌های فرهنگی تبیان که از سازمان‌های مورد حمایت دولت جمهوری اسلامی ایران است، گفت اختلاف میان شبکه حقانی و طالبان قندهاری باعث شده است تا اعضای این سازمان در هرات در زندان این گروه بمانند. به گفته این منبع، سران شبکه حقانی، خواستار متوقف شدن همه برنامه‌های مرتبط با دولت جمهوری اسلامی ایران در افغانستان است و به همین دلیل، افرادی را که در واکنش به حمله به کنسولگری ایران تجمع اعتراضی برپا کردند، هنوز آزاد نکرده‌اند.

حمله به کنسولگری ایران در هرات موجب اعتراض مقام‌های وزارت خارجه ایران شد و نگرانی‌ها از تکرار این حوادث را افزایش داد. حسین امیرعبداللهیان، وزیر خارجه جمهوری اسلامی ایران، شامگاه شنبه ۱۰ اردیبهشت، در تماس تلفنی با مولوی امیرخان متقی، وزیر خارجه طالبان، از تهدیدهای امنیتی موجود علیه مراکز دیپلماتیک ایران در افغانستان ابراز نگرانی کرد. حمله‌های اخیر به مراکز آموزشی و عبادی در افغانستان که هدف عمده آن هزاره‌ها بود، نگرانی‌ها از هدف قرار گرفتن مراکز دیپلماتیک دولت ایران را افزایش داده است.