رهبران طالبان درمورد صدور فتوای جهاد و پیوستن اعضای این گروه به دیگر گروه‌های جهادی، به‌ویژه تحریک طالبان پاکستان، اختلاف نظر دارند. سعیدالله سعید، از فرماندهان ارشد طالبان، به‌تازگی به اعضای این گروه گفته است که پیوستن به دیگر گروه‌های جهادی بدون رضایت و اجازه «امیر» جواز شرعی ندارد. او که روز سه‌شنبه ششم خرداد در مراسم فراغت (فارغ‌التحصیلی) نیروهای پلیس طالبان در کابل سخنرانی می‌کرد، گفت: «جنگیدن در هر کشور، ازجمله پاکستان، بدون فرمان صریح امیر جایز نیست.»

سعید تاکید کرد: «پیوستن به گروه‌های مختلف برای انجام جهاد در خارج از کشور، انسان را مجاهد واقعی نمی‌سازد. تنها امیر دولت اختیار اعلان جهاد را دارد، نه افراد یا گروه‌ها.» او افزود افرادی که مستقل اقدام می‌کنند از نگاه شریعت اسلامی مجاهد مشروع محسوب نمی‌شوند. سعید تصریح کرد: «جهاد بر مبنای نفس یا تعصب گروهی، فساد است نه مقاومت مشروع.»

سعید همچنین افزود، رهبری طالبان ورود بدون مجوز به پاکستان را ممنوع کرده است و چنین اقدامی نافرمانی محسوب می‌شود. او گفت: «گروه‌هایی که به نام جهاد حمله می‌کنند، هم با شریعت مخالفت می‌کنند و هم با اقتدار امارت اسلامی افغانستان.»

سعید در حالی این سخنان را بیان کرد که هفته گذشته رسانه پاکستانی اکسپرس تریبون، به نقل از منابع امنیتی گزارش داد که طالبان افغان سرکوب و بازداشت عناصری را که در داخل افغانستان برای تحریک طالبان پاکستان نیروگیری می‌کند آغاز کرده است. این رسانه همچنین گزارش داد که سفر هیئت پاکستانی به کابل در اواسط ماه مارس نتیجه مثبت داشته و مقام‌های پاکستانی قانع شده‌اند که طالبان افغان علیه مخالفان پاکستان اقدام می‌کنند.

فتوای رسمی ملا هبت‌الله آخندزاده درمورد منع جهاد در خارج از افغانستان و ممنوعیت پیوستن اعضای این گروه به دیگر گروه‌های جهادی هنوز به‌شکل علنی صادر نشده است،‌ اما پیش از این نیز مقام‌های طالبان به مقام‌های پاکستانی اطمینان داده‌اند که ملا هبت‌الله به پیروان خود در این مورد هشدار داده است و به کسی اجازه پیوستن به جنگ در پاکستان را نمی‌دهد.

سخنان سعیدالله سعید، درمورد منع پیوستن اعضای طالبان افغان به دیگر گروه‌های جهادی، به‌ویژه به تحریک طالبان پاکستان، بازتاب وسیعی در رسانه‌های پاکستان داشت و برخی رسانه‌های دولتی این کشور آن را نتیجه فشارهای پاکستان بر طالبان افغان دانستند و اظهار خوشبینی کردند که ممکن است به تضعیف تحریک طالبان پاکستان بینجامد. با این حال، برخی روحانیون برجسته طالبان افغان و اعضای این گروه در رسانه‌های اجتماعی، این دستور ملا هبت‌الله آخندزاده را به چالش کشیدند. عبدالسمیع غزنوی، از روحانیون مشهور طالبان، روز پنجشنبه با انتشار ویدیو سخنرانی‌اش در جمع دانشجویان یک مدرسه دینی بر ادامه و استمرار جهاد تاکید کرد. غزنوی گفت: «جهاد مستمر ازجمله وظایف امیرالمومنین است.» این روحانی برجسته طالبان با استناد به سابقه تاریخی جهاد خاطرنشان کرد که پیامبر اسلام در ۲۷ غزوه از ۸۰ غزوه نظامی که در یک دوره ۱۰ ساله انجام شد شرکت داشت و دستور داد که ۵۳ غزوه باقی‌مانده را یارانش انجام دهند.

در همین حال ندیم درویش، از روحانیون برجسته در ایالت خیبرپختون‌خوا پاکستان به دستور رهبر طالبان افغان واکنش داد و گفت به لحاظ شرعی حمایت از «جهاد در پاکستان» مسئولیت طالبان افغانستان است، چون «ما ضعیف و مظلوم هستیم و زنان و مردان ما، حافظان، روحانیون و مردان ما در زندان‌های حکومت پاکستان هستند.»

این روحانی پاکستانی گفت که تمامی مسلمانان باید از طالبان پاکستان حمایت کنند و این کار بر طالبان افغان «فرض عین» است. ندیم درویش از طالبان افغان خواست که «اسلام را تحریف نکنند». او کسانی را که جهاد در پاکستان را ناروا می‌دانند «علمای دنیاپرست» دانست و گفت کسانی که دین اسلام را می‌شناسند درک می‌کنند که جهاد در پاکستان جواز شرعی دارد.

براساس گزارش ناظران شورای امنیت سازمان ملل متحد، با بازگشت طالبان افغان به قدرت، نزدیک به چهار هزار و ۵۰۰ عضو تحریک طالبان پاکستان وارد خاک افغانستان شدند و در شرق این کشور در امتداد مرز پاکستان مستقر گردیدند. در نزدیک به چهارسال گذشته، مقام‌های پاکستان بارها با انتقاد از طالبان افغان گفته‌اند که حمله‌های مرگبار به نیروهای امنیتی این کشور از خاک افغانستان طراحی و سازماندهی می‌شوند. مقام‌های پاکستانی همچنین گفته‌اند که طالبان پاکستان به سلاح‌های آمریکایی رهاشده در افغانستان مجهز شده‌اند. همچنین در چندین مورد مقام‌های وزارت خارجه پاکستان اسنادی را با وزارت خارجه طالبان شریک ساختند (در اختیار وزارت خارجه طالبان قرار دادند) که بیانگر حضور شهروندان افغان در جنگ علیه نیروهای امنیتی این کشور و شرکت در حمله‌های انتحاری بوده است. مقام‌های رژیم طالبان پیوسته این اتهام‌ها را رد می‌کنند و مدعی‌اند که هیچ گروه مسلح خارجی در افغانستان حضور ندارد و از خاک افغانستان علیه منافع و امنیت همسایه‌ها استفاده نمی‌شود.

با این حال، تناقض در دیدگاه‌ رهبران و روحانیون طالبان درمورد جهاد در خارج از افغانستان و همچنین خودداری رهبر طالبان از صدور فرمان علنی در این مورد نشان می‌دهد که اعضای این گروه در جنگ علیه نیروهای امنیتی پاکستان حضور دارند. نورولی محسود، رهبر تحریک طالبان پاکستان، در زمستان ۱۴۰۱ و چندماه پس از بازگشت طالبان افغان به قدرت، در سخنانی در خیبرپختون‌خوا گفته بود تحریک طالبان پاکستان بخشی از طالبان افغان است و آرمان و اهداف هر دو گروه یکی است.

طالبان افغان سال‌ها در قلمرو پاکستان و در بخش‌های مختلف خیبرپختون‌خوا ازجمله در وزیرستان شمالی و جنوبی حضور داشتند و سران این گروه از حمایت و میزبانی سران تحریک طالبان پاکستان برخوردار بودند. حسین یاسا، نویسنده و پژوهشگر به ایندیپندنت فارسی گفت که تحریک طالبان پاکستان مانند طالبان افغان از میان قبایل پشتون شکل گرفته است و علاوه بر پیوند نژادی پیوند عمیق فکری نیز با طالبان افغان دارد.

همچنین افراسیاب ختک، عضو پیشین مجلس سنای پاکستان، در مصاحبه با ایندیپندنت فارسی با تایید این پیوند عمیق میان دو گروه گفت که طالبان افغان و پاکستانی دو گروه جدا از هم نیستند و طالبان پاکستانی با ملا هبت‌الله آخندزاده بیعت کرده‌اند. ختک افزود که نورولی محسود، رهبر طالبان پاکستان، با رهبران طالبان افغان ارتباط نزدیک دارد.