یکی از گردانندگان جمعیت امام علی در توییتی اعلام کرده است که وزارت کشور «انحلال این جمعیت را در مراجع قضایی» مطرح کرده است. بر اساس ابلاغیه واصله، وزارت کشور دادخواست انحلال جمعیت امام علی را در حالی مطرح کرده است که موعد رسیدگی به پرونده آن، ۱۲ اسفندماه سال جاری تعیین شده است  

ششم آبان‌ماه ۱۳۹۹ بازداشت شارمین میمندی‌نژاد، مؤسس جمعیت، کتایون افرازه، بازرس، و مرتضی کی‌منش، مسئول روابط‌عمومی آن، با شکایت قرارگاه ثارالله سپاه و به اتهام‌های «توهین» به رهبر نظام و بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران و «اقدام علیه امنیت ملی»، بازتاب گسترده‌ای در فضای مجازی یافت.

روزنامه کیهان که زیر نظر دفتر رهبر نظام حاکم بر ایران اداره می‌شود، جمعیت امام علی را به «ترویج خرافات و سیاه‌نمایی علیه انقلاب» و نیز توهین به آیت‌الله خمینی متهم کرده بود. خبرگزاری‌های نزدیک به سپاه پاسداران نیز پس از بازداشت این فعال امور خیریه نوشتند که مؤسس این جمعیت «با تشکیل مؤسسه‌ای خیریه و در پوشش اقدامات عام‌المنفعه اقدام به شبکه‌سازی برای نفوذ در سطوح مختلف افکارعمومی کرده است.»

سید ابراهیم رئیسی، رئیس قوه قضاییه جمهوری اسلامی ایران، نیز پیش‌تر گفته بود: «دشمنان در قالب امور خیریه اهداف بدخواهانه دارند.» حسن روحانی، رئیس‌جمهوری، نیز در اظهارات جداگانه‌ای تأکید کرده بود: «نهادهای خیریه نباید بگذارند» افراد ناسالم «در جمع آنان نفوذ پیدا کنند» و درباره فعالیت‌های جمعیت‌های خیریه در ایران هشدار داده بود.

مدتی پس از این بازداشت و مهر و موم شدن دفتر «جمعیت»، برخی گروه‌ها و سازمان‌های مردم‌نهاد در نامه‌ای به عبدالرضا رحمانی فضلی، وزیر کشور، خواستار توضیح در مورد دلایل بازداشت اعضای جمعیت امام علی و رسیدگی فوری به وضعیت بازداشت‌شدگان شدند.

امضاکنندگان آن نامه با اشاره به وظیفه وزارت کشور، جمعیت امام علی را «موفق‌ترین و تأثیرگذارترین نهادهای مستقل مردمی» خوانده و برخوردهایی از این ‌دست را عاملی خسارت‌بار در فعالیت نهادهای مردمی و تضعیف‌کننده سرمایه اجتماعی آن‌ها و نهایتاً اعتماد عمومی دانستند.

جمعیت امام علی با بیش از ۱۰ هزار همکار داوطلب در استان‌های مختلف ایران، بزرگ‌ترین جمعیت خیریه خصوصی در کشور است که اولین دفتر آن در سال ۱۳۷۹ در دانشگاه صنعتی شریف تأسیس شد.