وزارت خارجه جمهوری اسلامی ایران در واکنش به توصیه جمهوری آذربایجان به شهروندان خود مبنی بر خودداری از سفرهای غیرضروری به ایران، گفت که مردم آذربایجان را نه از ایران، بلکه از اسرائیل باید ترساند. 

ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی ایران، دوشنبه، پنجم ژوئن (۱۵ خرداد)، در پیامی توییتری، این اقدام جمهوری آذربایجان را مقارن با سفر هفته گذشته اسحاق هرتزوگ، رئیس‌جمهوری اسرائيل، به باکو دانست.

ناصر کنعانی در ادامه این پیام، دولت اسرائيل را «جعلی» و «کودک‌کش» خواند و نوشت: «آنکه باید مردم آذربایجان را از آن ترساند، اسرائیل است نه ایران.»

دو روز پیش از آن، وزارت خارجه جمهوری آذربایجان در بیانیه‌ای، ضمن هشدار به شهروندان خود، به آن‌ها توصیه کرد که از «سفرهای غیرضروری» به ایران خودداری کنند و چنانچه سفر کردند، به اصول امنیتی توجه داشته باشند و «بیشترین احتیاط» را به خرج دهند.

پیش‌تر، فرید صفرلی، دانشجوی تبعه جمهوری آذربایجان ساکن آلمان، در سفری به ایران بازداشت شد. به ادعای خبرگزاری‌های جمهوری آذربایجان، این دانشجو «با اتهام واهی جاسوسی» بازداشت شده است تا بدین طریق، با افراد وابسته به حکومت ایران که در باکو بازداشت شده‌اند، مبادله شود.

همزمان، جمهوری آذربایجان دفتر رایزن فرهنگی جمهوری اسلامی ایران را در باکو بست و نماینده این نهاد را نیز اخراج کرد. این اقدام یک روز پس از پایان سفر دو روزه رئیس‌ جمهوری اسرائیل به این کشور انجام شد.

در دیدار روسای جمهوری دو کشور در باکو، هرتزوگ ایران را تهدیدی برای ساختار امنیتی جهان و منطقه خواند. دو ماه پیش، وزیر امور خارجه آذربایجان در دیدار از اسرائیل، سفارت کشورش را در تل‌آویو افتتاح کرد. در شرایطی که تنش میان تهران و باکو بالا گرفته، روابط آذربایجان و اسرائیل، دشمن دیرین جمهوری اسلامی ایران، رو به گرمی نهاده است. 

در آخرین تحولات مربوط به تهران و با کو، فرودگاه بین‌المللی حیدر علی‌اف با تکذیب گزارش‌هایی مبنی بر لغو پروازهای باکو به تهران، اعلام کرد که پروازها به ایران طبق معمول انجام می‌شود.

شامگاه یکشنبه، ۴ ژوئن (۱۴ خرداد)، برخی شبکه‌های اجتماعی از تعلیق پروازهای جمهوری آذربایجان به ایران خبردادند و ادعا کردند که پروازهای باکو به تهران از یکشنبه و بدون اطلاع عمومی، کاملا متوقف شده‌اند.

پس از حمله مسلحانه بهمن گذشته به ساختمان سفارت جمهوری آذربایجان در تهران، روابط دو کشور متشنج شد. الهام علی‌اف، رئیس ‌جمهوری آذربایجان، این حمله را اقدامی «تروریستی» و «سازمان‌یافته» خواند و تهران را به سهل‌انگاری در حفاظت از اماکن دیپلماتیک متهم کرد.

از آن زمان تاکنون، جمهوری آذربایجان شماری از شهروندان این کشور را به اتهام همکاری با سازمان‌های اطلاعاتی جمهوری اسلامی ایران و اقدام برای کودتای منتسب به تهران بازداشت کرده است.

با اوج‌گیری تنش میان دو کشور، وزیران خارجه جمهوری اسلامی ایران و جمهوری آذربایجان در نیمه نخست آوریل در دو تماس تلفنی با یکدیگر، در مورد «مشکلات و سوءتفاهم‌ها» گفت‌وگو کردند. اما این تماس‌ها نیز نتوانست جو ملتهب میان تهران و باکو را آرام کند. 

روابط بین باکو و تهران در چند دهه‌ گذشته شکننده بوده است. از یک ‌سو، جمهوری آذربایجان از متحدان نزدیک ترکیه و رقیب تاریخی ایران است و افزون بر این، با اسرائیل نیز روابط نزدیکی دارد و مشتری تسلیحات نظامی آن است. از سوی دیگر، باکو تهران را به حمایت از ارمنستان در مناقشه ارضی متهم می‌کند که دست‌کم از سه دهه پیش، باکو و ایروان را در مقابل یکدیگر قرار داده است.