تصاویر ماهواره‌ای نشان می‌دهد عملیات پاک‌سازی در مقر جدید سازمان پژوهش و نوآوری دفاعی (سپند) در خیابان فخری‌زاده تهران همچنان ادامه دارد. این نهاد که مسئول توسعه ابعاد تسلیحاتی برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی است، در سال ۲۰۱۳ دفتر مرکزی‌اش را به این ساختمان منتقل کرد، در حالی که به فعالیت‌ در مجموعه لویزان ۲ نیز ادامه می‌داد.

موسسه علوم و امنیت بین‌الملل در گزارشی جامع به ارزیابی وضعیت تاسیسات هسته‌ای پس از جنگ ۱۲ روزه می‌پردازد و می‌نویسد بمباران نسخه‌ای از «آرشیو هسته‌ای ایران»‌، مجموعه‌ای از اسناد و پرونده‌های مهم مربوط به فعالیت‌های گذشته توسعه سلاح هسته‌ای ایران، و احتمالا داده‌ها و اسناد کلیدی جدیدتر مربوط به توسعه، آزمایش و تولید سلاح هسته‌ای را نابود کرده است. 

مقر جدید در جریان جنگ ۱۲ روزه چندین بار هدف حملات هوایی اسرائیل قرار گرفت اما فرو نریخت. این حملات احتمالا آسیب داخلی شدید ایجاد کرده و ساختمان را کاملا غیرقابل استفاده کرده است. جدیدترین تصاویر ماهواره‌ای نشان می‌دهد که جمهوری اسلامی در حال تخریب این ساختمان بزرگ است و هم‌زمان تجهیزات و اقلام ارزشمند باقی‌مانده را از آن خارج می‌کند.

در مجموع، تصاویر ماهواره‌ای نشان می‌دهد برنامه غنی‌سازی اورانیوم جمهوری اسلامی به‌طور جدی عقب‌نشینی کرده است. سایت‌های اصلی غنی‌سازی در فردو، نطنز و اصفهان تقریبا کامل تخریب شده‌اند و فعالیت قابل توجهی در آن‌ها دیده نمی‌شود. تاسیسات تولید اورانیوم هگزافلوراید و کارخانه‌ها و کارگاه‌های ساخت سانتریفیوژ نیز به‌شدت آسیب دیده یا نابود شده‌اند و جمهوری اسلامی در حال حاضر قادر به غنی‌سازی قابل‌ملاحظه یا تولید عمده سانتریفیوژ نیست.

در نطنز، حملات متعدد اسرائیل و بمب‌های سنگرشکن آمریکا به سالن‌های زیرزمینی غنی‌سازی آسیب جدی وارد کرده است و زیرساخت‌های برق و تاسیسات جانبی از کار افتاده‌اند. در فردو، پس از ارزیابی اولیه خسارت، حفره‌های ناشی از اصابت بمب‌ها و ورودی‌های تونل‌ها پر شده و سایت عملا در حالت نیمه‌متروکه است. در اصفهان، مجتمع اصلی روی سطح زمین شامل تاسیسات تبدیل اورانیوم و دیگر ساختمان‌ها همچنان ویران مانده و تلاشی برای بازسازی دیده نمی‌شود؛ اما در مجتمع تونلی زیر کوه، ورودی‌های شمالی و میانی بازآرایی و تقویت و موانعی در برابر موشک‌های کروز ایجاد شده است که نشان می‌دهد احتمالا هنوز برای این فضا نقش مهمی در نظر گرفته شده است.

در سایت‌های مرتبط با زنجیره سانتریفیوژ در بیرون از سه سایت اصلی نیز وضعیت مشابهی دیده می‌شود. مجتمع تولید سانتریفیوژ تابا در کرج کاملا ویران مانده و هیچ تلاش جدی برای بازسازی یا پاک‌سازی اساسی مشاهده نشده است. این تاسیسات که در گذشته هم هدف حملات خرابکارانه قرار گرفته بود، پیش‌تر نقش مهمی در ساخت قطعات سانتریفیوژ داشت و زیر نظر آژانس بود، اما اکنون عملا از مدار خارج شده است.

در مقابل، در برخی سایت‌های مرتبط با تسلیحات هسته‌ای الگوی متفاوتی دیده می‌شود: در چند مرکز وابسته به سپند، عملیات پاک‌سازی، آواربرداری و نجات تجهیزات قابل استفاده در جریان است. 

در مقر جدید سپند در خیابان فخری‌زاده، سقف و طبقات بالا برداشته شده است، انبوه نخاله اطراف ساختمان دیده می‌شود و برخی تجهیزات ارزشمند مانند واحدهای خنک‌کننده که در تصاویر ماهواره‌ای قبلی مشهود بودند در تصاویر جدید ناپدید شده‌اند، که نشانه‌ می‌دهد تجهیزات قابل استفاده پیش از تخریب کامل ساختمان به محلی دیگر منتقل شده‌اند. 

مرکز پژوهشی شهید میثمی در نزدیکی کرج آواربرداری گسترده، کامیون‌های کمپرسی، جرثقیل‌ها و تفکیک مصالح و تجهیزات مشاهده می‌شود. ساختمان‌های ویران‌شده، از جمله یک سازه آزمایشگاهی، یا کامل تخریب و محوطه صاف شده است یا در حال تخریب‌اند. در عین حال، هنوز نشانه‌ای از ساخت‌وساز جدید و احیای ظرفیت‌ قبلی دیده نمی‌شود، اما سرعت و الگوی کار آن را به «پیش‌‌زمینه بازسازی» شبیه می‌کند.

در سنجریان، یکی از مراکز کلیدی برنامه «آماد»، ساختمان‌های تخریب‌شده و آوار همچنان باقی است و وجود چند خودرو در محل نشان می‌دهد که سایت رها نشده است؛ اما عملیات پاک‌سازی سازمان‌یافته یا تلاش برای بازسازی مشاهده نمی‌شود.

سایت «لویزان ۲» (مجتمع مژده) طی ماه‌های گذشته پاکسازی شده، ساختمان‌های کلیدی تخریب و نخاله‌ها خارج شده‌اند، اقدامی که هم می‌تواند مقدمه بازسازی ظرفیت‌ سپند باشد و هم با از بین بردن شواهد، هرگونه بازرسی احتمالی آژانس را بی‌اثر کند. 

در «طالقان ۲» در مجموعه پارچین، که سابقه استفاده در آزمایش‌های انفجاری مرتبط با برنامه آماد را دارد، اکنون ساخت‌وساز گسترده‌ای در جریان است. بنای اصلی طوری طراحی شده است که در دل دو شیب تپه قرار گرفته و یک محفظه استوانه‌ای بزرگ با پوشش فلزی تقویت‌شده را در خود جای داده است، سازه‌ای که به یک محفظه آزمایش انفجار پرفشار شباهت دارد. طراحی سازه‌ها، سقف‌های قوسی فلزی و احتمال وجود ساختمان زیر توده‌های خاک، همگی نشانه‌هایی‌اند که نگرانی‌ها درباره استفاده احتمالی از این سایت برای فعالیت‌های حساس یا تسلیحاتی را افزایش می‌دهد؛ هرچند فعلا شواهد قطعی درباره ماهیت دقیق فعالیت‌های آتی در دست نیست.

در کوه کلنگ در نزدیک نطنز، دو مجموعه تونلی (یکی جدید، یکی متعلق به سال ۲۰۰۷) به‌سرعت در حال تکمیل است؛  کل پای کوه با دیوار امنیتی محصور شده است، ورودی‌های تونل‌ها تقویت و حتی تا‌حدی مدفون شده‌اند. این مجموعه به‌عنوان محل مونتاژ سانتریفیوژهای پیشرفته و احتمالا یک واحد غنی‌سازی زیرزمینی در نظر گرفته شده و ممکن است محل ذخیره اورانیوم غنی‌شده نیز باشد. ورودی‌های تونل قدیمی در سال ۲۰۲۵ لایه‌لایه با بتن، خاک و سنگ پوشانده شد و دسترسی به آن بسیار دشوار شده است.

موسسه علوم و امنیت بین‌الملل در این گزارش متذکر می‌شود جمهوری اسلامی آشکارا از قصدش برای «بازسازی برنامه هسته‌ای صلح‌آمیز» سخن گفته است، اما بازسازی کامل زیرساخت‌های از‌دست‌رفته نیازمند زمان طولانی، منابع مالی گسترده و واردات حجم عظیمی از اقلام تحریم‌شده است. با بازگشت تحریم‌های شورای امنیت و محدودیت‌های حقوقی بین‌المللی علیه غنی‌سازی، امکان دستیابی به این تجهیزات بسیار کاهش پیدا کرده و به نظر می‌رسد پنج ماه پس از جنگ، پیشرفت جمهوری اسلامی در احیای ظرفیت‌های نابودشده هنوز محدود و کند است.