در پی تشدید تنش‌ها میان ایران و جمهوری آذربایجان، علی شمخانی در توییتی که به چهار زبان فارسی، عربی، انگلیسی و عبری منتشر کرد همسایگان ایران را به «هوشیاری» در برابر «شیطنت و تفرقه‌اندازی بیگانگان» دعوت و بر لزوم «همکاری و همدلی» در حل اختلاف‌های منطقه‌ای تاکید کرد.

دبیر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی در این توییت نوشت: «ایران بزرگ و مقتدر همواره خیرخواه همسایگان خود بوده و هرگز تهدیدی را متوجه آنان نکرده است. مشکلات با همکاری و همدلی همه کشورهای منطقه حل‌و‌فصل خواهد شد.» او در ادامه افزود: «هرگونه نفوذ بیگانگان جز شیطنت و تفرقه ثمری ندارد. همسایگانمان را به هوشیاری در این زمینه و دوری از آنان فرا می‌خوانیم.»

مناقشه میان ایران و آذربایجان در پی سخنان اخیر الهام علی‌اف، رئیس‌جمهوری آذربایجان، درباره آنچه ورود غیرقانونی کامیون‌های ایرانی به منطقه قره‌باغ خواند شدت گرفته است. او در گفت‌و‌گو با خبرگزاری آناتولی ترکیه گفت در دو ماه گذشته، بیش از ۶۰ کامیون ایرانی بدون مجوز وارد منطقه قره‌باغ شده‌اند و اگر رانندگان ایرانی می‌خواهند از خاک کشورش استفاده کنند، باید مالیات بدهند.

بخشی از جاده گوریس قاپان که مسیر اصلی انتقال بار از ایران به ارمنستان است، پیش‌تر در اختیار ارمنستان بود و  کامیون‌های ایرانی بدون هیچ محدودیتی در این مسیر تردد می‌کردند. در پی توافق آتش‌بس سال گذشته میان آذربایجان و ارمنستان، این محدوده ۲۱ کیلومتری اکنون تحت کنترل جمهوری آذربایجان است و هزینه‌ای ۱۳۰ دلاری برای مالیات عبور از این جاده وضع کرده است.

همچنین در پی رزمایش مشترک جمهوری آذربایجان، ترکیه و پاکستان، موسوم به «سه برادر» در ۲۲ شهریور، ایران نیز روز جمعه ۹ مهر، رزمایش «فاتحان خیبر» را در مناطق مرزی نزدیک به جمهوری آذربایجان آغاز کرد.

الهام علی‌اف پیش‌تر در واکنش به خبر جابه‌جایی ادوات نظامی و برگزاری رزمایش در نزدیکی مرزهای جمهوری آذربایجان، آن را «بسیار تعجب‌برانگیز» خواند و گفت هرچند برگزاری رزمایش «حق حاکمیتی» هر کشور است اما «چرا حالا و چرا در نزدیکی مرز ما؟»

کیومرث حیدری، فرمانده نیروی زمینی ارتش، در حاشیه برگزاری این رزمایش، دلیل افزایش حساسیت جمهوری اسلامی به این منطقه مرزی را حضور اسرائیل در جمهوری آذربایجان خواند. او همچنین با تاکید بر ضرورت امنیت و آرامش تردد کامیون‌ها از مرز کشورهای جمهوری آذربایجان، ارمنستان، ایران و ترکیه، گفت: «انتظار می‌رود کشورها در این رابطه به مسئولیت خودشان که احترام به امنیت و مسیرهای اقتصادی و انتقال انرژی است توجه کنند و از بازی‌های رسانه‌ای خود را دور کنند.»

فرمانده نیروی زمینی ارتش در ادامه افزود برای جمهوری اسلامی ایران «خروج نیروهای تروریستی که از سوریه به این منطقه آمده‌اند، محرز نشده» و جمهوری اسلامی ایران در این مورد حساس است.