علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران گفت که ترور فخری‌زاده تأثیری بر برنامه هسته‌ای ایران ندارد.
او در نشست خبری هفتگی مدعی شد که نیروهای امنیتی ایران، «سازمان‌های تروریستی و جاسوسی» را تحت پوشش داشته و از جزئیات ترور آگاه بوده است: «برخلاف آنچه در رسانه‌های خارجی می‌شنویم در مورد ترور شهید محسن فخری‌زاده دانشمند هسته‌ای کشورمان سازمان‌های تروریستی و جاسوسی به‌رغم ادعاهای زیاد خود زیر پوشش ما قرار داشتند و محل وقوع ترور پیش‌بینی شده بود و با کمی دقت و رعایت پروتکل‌های حفاظتی می‌توانستیم این جنایت را ناکام بگذاریم.»
علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی نیز روز گذشته گفته بود که ایران از مکان احتمالی اجرای برنامه ترور آگاه بوده است ولی پیشرفته و حرفه‌ای بودن عملیات سبب شد تا نتوانند مانع از مرگ محسن فخری‌زاده شوند.
محسن فخری‌زاده، چهره کلیدی برنامه هسته‌ای و موشکی ایران روز جمعه در ورودی شهر آبسرد دماوند و در نزدیکی تهران ترور شد.
در روزهای گذشته اطلاعات پراکنده و ضدونقیضی درباره شیوه اجرای برنامه ترور در رسانه‌های ایران منعکس‌شده است.
محمود علوی، وزیر اطلاعات ایران که به دلیل ناتوانی در کشف این عملیات تحت فشار قرار دارد، روز گذشته به رسانه‌های داخلی گفت که نیروهای وزارتخانه‌اش به جزئیات اطلاعاتی گسترده‌ای دست یافته‌اند. هنوز مشخص نیست این جزئیات به نحوه اجرای عملیات مربوط می‌شود و یا افراد دخیل در این ترور هم شناسایی شده‌اند.
دبیر شورای عالی امنیت ملی روز شنبه گفته بود که «کسی که این طراحی را کرده برای ما مکشوف است که کیست و سابقه‌اش چیست.»
او همچنین مدعی شد که عملیات ترور به‌گونه‌ای اجرا شده که هیچ فردی در صحنه حضور نداشته و سازمان مجاهدین خلق و اسرائیل را به دست داشتن در ترور متهم کرد.
مقام‌های رسمی اسرائیل دست داشتن این کشور در ترور فخری‌زاده را نپذیرفته‌اند. سازمان مجاهدین خلق نیز حضور یا نقش‌آفرینی اطلاعاتی و یا اجرایی در این عملیات را تائید نکرده است.
