در هشتم اردیبهشت سال ۱۳۷۱، جنگجویان مجاهدین که در دو ماهِ پیش از آن پشت دروازه‌های کابل سنگر گرفته بودند، وارد شهر شدند و قدرت را از دولت نجیب‌الله گرفتند. دولت دکتر نجیب‌الله قبل از ورود مجاهدین دچار از‌هم‌گسیختگی شده بود و خود دکتر نجیب‌الله که چند هفته پیش از سقوط کابل می‌خواست از کشور فرار کند، به دفتر سازمان ملل متحد در کابل پناهنده شده بود. البته شهر‌های بزرگ و مهم افغانستان پیش از سقوط کابل به دست مجاهدین افتاده بود. با آن که تسلیم قدرت از نیرو‌های وفادار به دکتر نجیب به مجاهدین به صورت مسالمت‌آمیز صورت گرفت، اما مجاهدین خود نتوانستند به شکلی مسالمت‌آمیز در کنار هم باقی بمانند. از همان روز‌های نخست ورود آنان به کابل، درگیری و تنش میان تنظیم‌های جهادی در آن شهر آٰغاز شد و تا زمان سقوط مجاهدین در اواسط سال ۱۳۷۵، آن درگیری و تنش ادامه داشت. 

رهبران مجاهدین در روز ششم اردیبهشت سال ۱۳۷۱ توافقی را در شهر پیشاور به امضا رساندند که بعد‌ها به نام توافق پیشاور مشهور شد. بر اساس آن توافق، صبغت‌الله مجددی به عنوان رئیس حکومت موقت مجاهدین برای دو ماه تعیین شد و گلبدین حکمتیار نیز به عنوان نخست وزیر او انتخاب شد. وزارت‌خانه‌های مختلف دولت نیز میان احزاب جهادی تقسیم گردید. جالب است که در آن توافق، هیچ‌گونه امتیازی برای احزاب هشت‌گانه شیعه که زیر یک چتر واحد به نام «حزب وحدت اسلامی» فعالیت داشتند، در نظر گرفته نشده بود، در حالی که حزب وحدت اسلامی تا آن زمان بخشی از کابل را به تصرف خود درآورده بود. 

با این حال، توافق پیشاور هم نتوانست اتحاد مجاهدین را بادوام نگه دارد و از همان آغاز تصرف کابل، جنگ‌های خونینی در آن شهر به وقوع پیوست. بقیه افغانستان نیز به جزیره‌های متعدد قدرت تبدیل شده بود که اکثرا هیچ اطاعت و تابعیتی از دولت مرکزی نشان نمی‌دادند.

جنگ‌ها و درگیری‌های خونین میان مجاهدین، زمینه را آماده کرد تا پاکستان که از اتحاد آنان ناامید شده بودند، دست حمایت خود را به روی گروه طالبان بگشاید. طالبان در سال ۱۳۷۳ در شهرستان کوچکی در استان قندهار اعلام حضور کردند. آنان به سرعت شهر‌ها و استان‌های مختلف را یکی پس از دیگری به تصرف خود درآوردند و در سال ۱۳۷۴ توانستند خود را به پشت دروازه‌های کابل برسانند. با این حال، نیرو‌های وفادار به احمدشاه مسعود که در آن زمان به آنان شورای نظار می‌گفتند، یک سال دیگر نیز در مقابل طالبان مقاومت کردند. تنها پس از سقوط شهر جلال‌آباد در شرق کابل  و تنگ‌تر شدن حلقه محاصره اطراف آن، احمد‌شاه مسعود مجبور به خروج از کابل شد. مجاهدین برای شش سال حکومت در تبعید را ایجاد کردند که مرکز آن در پنجشیر بود. با این حال، بخش عمده کشور‌های جهان همین حکومت در تبعید را به رسمیت می‌شناختند و گروه طالبان با این که ۹۰ درصد خاک افغانستان را در تصرف داشتند، به دلیل سیاست‌های غیرانسانی خود نتوانستند مشروعیت لازم را در میان جامعه جهانی به دست آورند. حادثه یازدهم سپتامبر و هجوم امریکا به افغانستان، فرصتی برای مجاهدین فراهم کرد تا دوباره به قدرت برگردند. با آن که مجاهدین اکثریت شرکت‌کنندگان در نشست بن را تشکیل می‌دادند، بار دیگر نتوانستند برای دولت آینده، نماینده‌ای از «اتحاد شمال» که شامل تمامی نیرو‌های در حال جنگ با طالبان بود، انتخاب کنند.  قدرت به حامد کرزی سپرده شد که هرچند او نیز مجاهد بود، ولی سال‌های دراز از جبهه‌های جنگ دور مانده بود. 

بخش عمده فرماندهان جهادی در داخل دولت حامد کرزی، از نفوذ زیادی برخوردار بودند. همین امر باعث شد تا شماری از فرماندهان جهادی تبدیل به قدرت‌های اقتصادی بزرگی در کشور شوند. جامعه جهانی نیز به دلیل شکننده بودن وضعیت در افغانستان، ناگزیر بود که چشم خود را بر روی بخشی از فساد مالی  این چهره‌های سابقا جهادی ببندد. 

با این حال، دولت افغانستان در مسیر خلع‌سلاح عمومی و تضعیف قدرت فرماندهان محلی مجاهد در گوشه و کنار افغانستان کوشید و تا حد زیادی هم موفق شد. اما نتوانست تمامی آن نیرو‌ها را به صورت کامل خلع‌سلاح کند. سیاست‌های دولت، تا حد زیادی رهبران مجاهدین را به حاشیه راند. واکنش‌های تند مجاهدین نتوانست ره به جایی ببرد و تعدادی از آنان نیز به‌دست تروریست‌ها به قتل رسیدند. با این حال، امید به برگشت دوباره به قدرت، این گروه را به ماندن در کنار دولت وادار کرد. 

به نظر می‌رسد که خروج ناتو از افغانستان و بی‌میلی طالبان به ادامه مذاکرات صلح، یک بار دیگر مجاهدین را به بازگشت دوباره به گردونه قدرت امیدوار کرده است. مجاهدین که خود را طرف اصلی جنگ با طالبان می‌دانند، سعی زیادی دارند تا در گفت‌و‌گو‌های صلح خود را به عنوان یک طرف جنگ افغانستان تثبیت کنند تا از این طریق امتیاز‌های لازم را در دولت ائتلافی به دست آورند. آنان تقریبا در تمامی نشست‌های صلح در گوشه و کنار جهان حضور یافته‌اند و خود را نماینده طیف وسیعی از مردم افغانستان می‌دانند. 

اکنون پس از گذشت ۲۹ سال از پیروزی مجاهدین بر دولت دکتر نجیب‌الله، این گروه در تدارک برگشت به قدرت است. قدرت‌نمایی شماری از فرماندهان مطرح جهادی و بسیج نیرو‌هاشان که به بهانه مقابله با طالبان به نمایش گذاشته‌اند، یک پیام با خود دارد، و آن این که مجاهدین، حداقل در مناطق تحت نفوذ خود، رویای قدرت گرفتن دوباره در سر می‌پرورانند. این امر البته  نگرانی عمده‌ای نیز با خود همراه دارد؛ این که مبادا افغانستان بار دیگر به روز‌های تاریک دهه ۷۰ برگردد.