در نامه‌ای که روز پنجشنه ۱۴ دی (۴ ژانویه) در اختیار ایندیپندنت فارسی قرار گرفته، مولوی ایوب خالد، استاندار پشتون‌تبار طالبان در بدخشان، دستور جمع‌آوری سلاح و تجهیزات نظامی از جنگجویان تاجیک‌تبار این گروه را صادر کرده است.  

در این نامه ذکر شده که طرح جمع‌آوری اسلحه در نشست امنیتی استانداری طالبان در بدخشان تصویب شده است.  

در این متن آمده است: «از این پس اسلحه و مهمات که در نزد افراد، اشخاص یا مسئولان امارت اسلامی قرار دارد، در صورتی‌که نیاز به حمل اسلحه دارند، جواز حمل اسلحه را از فرماندهی پلیس اخذ نموده، اسلحه و مهمات خویش را رسما ثبت کنند یا باید آن را مانند بیت‌المال به نهاد مربوطه امارت اسلامی تسلیم کنند، در غیر آن اسلحه و مهماتشان ضبط و با ایشان برخورد قانونی و جدی صورت خواهد گرفت.» 

نیروهای وابسته به قاری فصیح‌الدین، رئیس ستاد ارتش طالبان و مولوی امان‌الدین، فرمانده پیشین نیروی هوایی طالبان و استاندار پیشین بدخشان، به سلاح و تجهیزات نظامی‌ مجهزند. این دو فرمانده طالبان در سرنگونی بدخشان و استان‌های هم‌جوار آن در سال ۲۰۲۱ به‌دست طالبان تاثیر زیادی داشته‌اند. تاکنون این دو فرمانده تاجیک‌تبار طالبان به درخواست مولوی ایوب خالد واکنش نشان نداده‌اند. 

قاری فصیح‌الدین تنها مقام‌ ارشد تاجیک‌تبار در حکومت طالبان است، اما برای پیشبرد امور نظامی مانند رئیس ستاد ارتش طالبان از اختیارات لازم برخوردار نیست. 

ایندیپندنت فارسی در فروردین ماه سال‌ جاری گزارش داده بود که ملا یعقوب، وزیر دفاع طالبان، حدود ۲۰۰ طالب بدخشانی را از فرماندهی نیروهای هوایی، به پادگان ۲۱۹ ثالث عمری در بدخشان منتقل کرده است. این افراد به قاری فصیح‌الدین، رئیس ستاد ارتش طالبان، نزدیک بوده‌اند و در زمان ماموریت مولوی امام‌الدین منصور در مسندهای فرماندهی نیروهای هوایی طالبان گمارده شده بودند. 

حذف مولوی امان‌الدین از مسند استانداری بدخشان نیز با واکنش تند طالبان تاجیک‌تبار مواجه شده بود. به نظر می‌رسد مولوی ایوب خالد، استاندر پشتون‌تبار طالبان در بدخشان تلاش می‌کند قدرت طالبان غیر‌پشتون را کاهش دهد. طالبان در استان‌های شمالی نیز قدرت جنگجویان ازبک‌تبار را به میزان زیادی کاهش داده و فرماندهان ازبک‌تبار را نیز منزوی کرده‌اند.  

منابع معتبر به ایندیپندنت فارسی گفتند که بر اساس توافق فرماندهان تاجیک‌تبار بدخشانی و ملا هیبت‌الله، رهبر طالبان، مدیریت و کنترل استان بدخشان در اختیار طالبان غیر‌پشتون قرار داشت، اما با کشته شدن چندین مقام طالبان به دست شاخه خراسان دولت اسلامی (داعش)، ملا هیبت‌الله به طالبان غیر‌پشتون بی‌اعتماد شده است و فرماندهان پشتون‌تبار را با غیر‌پشتون‌ها جا‌به‌جا می‌کند. 

بدخشان به‌دلیل هم‌مرز بودن با پاکستان، چین و تاجیکستان، برای طالبان اهمیت راهبردی دارد. گفته می‌شود تروریست‌های خارجی در بدخشان حضور دارند که تهدید جدی برای امنیت منطقه‌اند و طالبان محلی از این تروریست‌ها حمایت می‌کنند. برخی از جنگجویان اویغور با خانواده‌هایشان در بدخشان به سر می‌برند و حتی گفته می‌شود که پایگاه نظامی دارند. 

از سوی دیگر، رژیم طالبان به انحصار شدید قدرت متهم است و بیشتر مقام‌های کلیدی در اختیار طالبان پشتون‌تبار است. طالبان نیروهای غیر‌پشتون را «غیر خودی» می‌دانند و به همین دلیل به آن‌ها اعتماد ندارند. طالبان نگران‌اند که نیروهای غیر‌پشتون به‌دلیل کاهش قدرت و حذف و تنزیل شان از مقام‌های نظامی، از بدنه این گروه خارج شوند و به مخالفان و حتی گروه‌های تروریستی بپیوندند و به همین دلیل تلاش می‌کنند سلاح و تجهیزات نظامی را از آن‌ها پس بگیرند.  

هر نوع مخالفت مقابل دستورهای رژیم طالبان حتی برای فرماندهان آن‌ها هم تبعات سنگین در پی دارد. مولوی مهدی مجاهد، تنها فرمانده هزاره‌تبار طالبان، پس از برکناری از اداره استخبارات (اطلاعات) طالبان در بامیان، به شهرستان بلخاب استان سرپل، زادگاهش، رفت و اعلام کرد به‌ دلیل تبعیض علیه هزاره‌ها و حذف آن‌ها از قدرت، از رژیم طالبان اطاعت نمی‌کند.

این مسئله باعث شد که فرماندهان ارشد طالبان برای سرکوب او به بلخاب بروند و او را هنگام سفر به ایران در مرز اسلام‌قلعه استان هرات در اوت ۲۰۲۲ (مرداد ۱۴۰۱) بازداشت کنند و بکشند.  

گفته می‌شود که رهبران رژیم طالبان این فرمانده هزاره‌تبار را به منظور ارعاب سایر فرماندهان اعدام کردند و پس از آن فرماندهان غیر‌پشتون و نیروهایشان از مخالفت با رهبر و رژیم طالبان می‌هراسند.