علی خامنه‌ای، روز شنبه، ۳۱ تیر، به قرآن‌سوزی توسط سلوان مومیکا، یک عراقی عضو سابق نیروهای حشدالشعبی، واکنش نشان داد و سوئد را در این اتفاق مقصر دانست. او در پیامی این اتفاق را حادثه‌ای «تلخ و توطئه‌آمیز و خطرآفرین» خواند و خواهان آن شد که دولت سوئد، را به دستگاه‌های قضایی کشورهای اسلامی تحویل دهد.

 علی خامنه‌ای در این پیام کوتاه با اشاره به اینکه اشد مجازات برای عامل این جنایت مورد اتفاق همه علمای اسلام است، نوشت: «دولت سوئد نیز باید بداند که با پشتیبانی از جنایتکار، در برابر دنیای اسلام آرایش جنگی گرفته و نفرت و دشمنی عموم ملت‌های مسلمان و بسیاری از دولت‌های آنان را به سوی خود جلب کرده است.»

رهبر جمهوری اسلامی در پایان این پیام نوشته است: «توطئه‌گران پشت صحنه نیز بدانند که حرمت و شوکت قرآن کریم روز به روز افزونتر و انوار هدایت آن درخشان‌تر خواهد شد، امثال این توطئه و عاملان آن، حقیرتر از آنند که بتوانند جلوگیر این درخشش روزافزون باشند.»

این واکنش علی خامنه‌ای می‌تواند موج تبلیغاتی گسترده‌ای را در ایران و نیز در میان نیروهای هوادار جمهوری اسلامی در منطقه به راه اندازد و روابط بین جمهوری اسلامی و سوئد را تحت تاثیر قرار دهد.

در حالی که عراق روابط دیپلماتیک خود با سوئد را قطع کرده است، در ایران نیز نیروهای هوادار حاکمیت خواهان اخراج سفیر سوئد و قطع رابطه جمهوری اسلامی با این کشور شده‌اند.

شامگاه روز جمعه امیرعبدالهیان، وزیر خارجه جمهوری اسلامی، در حاشیه گفت‌وگویش با خبر ساعت ۲۱‌ گفت: «سفیر سوئد در تهران ماموریتش پایان یافته و به دستور رئیس‌جمهوری تا زمانی که دولت سوئد اقدام موثری برای حفظ حرمت کتب آسمانی و قرآن مجید صورت ندهد و برخورد جدی با فرد یا جریانی که چنین اهانتی را برای دومین بار در سوئد تکرار کرده، نداشته باشد، سفیر جدید سوئد را که قرار بود طی روزهای آینده وارد ایران شود، نخواهیم پذیرفت.»

سفارت جمهوری اسلامی در سوئیس نیز در بیانیه‌ای به دولت سوئد تاخت و سوزاندن قرآن از سوی یک فرد را جنایت فرهنگی خواند. سفارت جمهوری اسلامی در سوئیس در این بیانیه آورده است: «سفارت مقامات سوئدی با حمایت از تحرکات مزبور نشان دادند بیش از هر کسی اینگونه اعمال شنیع در نفرت پراکنی، تحریک خشونت، بیگانه هراسی و ایجاد اختلاف بین پیروان ادیان ابراهیمی بوده و باید پاسخگوی نتایج مخرب مربوطه باشند.»

محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی، نیز صبح روز شنبه در صحبت‌هایش خطاب به دولت سوئد اعلام کرد که جریحه‌دار کردن احساسات و توهین به عقاید مسلمانان بی‌هزینه نیست.

محمدباقر قالیباف در جلسه علنی مجلس شورای اسلامی و در نطق پیش از دستور خود گفت: «دولت سوئد در ادعای خود پیرامون مخالفت با این اقدام صادق نیست و هیچ اقدام عملی موثری برای جلوگیری از این قبیل اقدامات به عمل نیاورده است.»

ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی نیز صبح روز شنبه به سوزاندن قرآن از سوی یک گروه راست‌افراطی درمقابل سفارت عراق در کپنهاگ در روز جمعه، ۳۰ تیر ماه، واکنش نشان داد. این گروه در توجیه این اقدام اعلام کرد که در اعتراض به حمله معترضان عراقی به سفارت سوئد در بغداد، دست به سوزاندن قرآن و پرچم عراق زده است.

کنعانی در واکنش به این اتفاق اعلام کرد: «از منظر جمهوری اسلامی ایران، دولت دانمارک در جلوگیری از اهانت به قرآن کریم و مقدسات اسلامی و نیز پیگرد و مجازات اهانت کنندگان مسئول بوده و در این زمینه افکار عمومی جهان اسلام منتظر اقدام عملی دولت دانمارک است.»

غلامرضا جلالی، رئیس سازمان پدافند غیرعامل کشور نیز در واکنش به قرآن سوزی در سوئد، اخراج سفرای این کشور از کشورهای اسلامی را حداقل پاسخ این اهانت دانست. او در سخنرانی خود اعلام کرد: «انفعال دولت و پلیس این کشور در برابر اهانت به قرآن کریم قابل قبول نیست و به شدت آن را محکوم می‌کنیم چراکه این موضوع برای دومین بار رخ داد و خیانت و اهانت بزرگی به آرمان‌های مسلمانان و آزادی خواهان جهان است.»