پس از انتشار مصاحبه بی‌بی‌سی با یکی از متهمان سابق ترور دانشمندان هسته‌ای در ایران که اخیرا به آلمان پناهنده شده است و افشای جزئیات شکنجه و اعتراف‌گیری از وی توسط وزارت اطلاعات، اینک علی مطهری نایب‌رئیس سابق مجلس شورای اسلامی از مشابهت این پرونده با دست‌کم ۳ موضوع امنیتی دیگر در ایران سخن گفته است.
مازیار ابراهیمی که در سال ۱۳۹۱ توسط وزارت اطلاعات ایران دستگیر شده بود در مصاحبه‌اش روند دستگیری، شکنجه و اعتراف گیری اجباری خود را به تفصیل شرح می‌دهد. وزارت اطلاعات ایران بعدتر از وی رفع اتهام می‌کند و او را به همراه دیگر متهمان دستگیر شده در این پرونده را از زندان آزاد می‌کند.
وزیر اطلاعات ایران در واکنش به پخش این گزارش وعده داده بود که به‌زودی نشستی مطبوعاتی برگزار خواهد کرد اما این نشست هنوز برگزار نشده است.
علی مطهری در واکنش به پخش این گزارش در مصاحبه با روزنامه اعتماد ضمن تائید گفته‌های مازیار ابراهیمی گفته است: «در موضوع انفجار در حرم امام رضا(ع) در سال ۷۳ نيز ابهاماتی مطرح است و لازم است درباره آن روشنگری صورت بگيرد. در موضوع قتل‌های زنجيره‌ای نيز چنين اتفاقاتی افتاد و می‌توان گفت كه آن موضوع نيز از نظر مساله حفظ نظام از همين قماش است. آنجا هم میگفتند كه ما برای اينكه دگرانديشان و روشنفكران را بترسانيم، چند نفر از آن‌ها را از بين می‌بريم. مساله قتل داريوش فروهر و همسرش نيز از همين جنس بود. مساله تصميم به قتل نويسندگان (شانزدهم مرداد سال ۷۵) در ماجرای اتوبوس حامل نويسندگان در سفر به ارمنستان نيز به همين شكل بود».
موضوع بمب‌گذاری در حرم امام رضا که در خردادماه ۱۳۷۳ اتفاق افتاد از سوی مقامات رسمی ایران به سازمان مجاهدین خلق نسبت داده می‌شود. پیش و پس از این بمب‌گذاری ۲ کشیش مسیحی به نام‌های مهدی دیباج و هایک هوسپیان مهر نیز به شکل مرموزی کشته شدند. همچنین وزارت اطلاعات ایران اعلام کرد که عملیات بمب‌گذاری در مسجد مکی زاهدان را نیز خنثی کرده است. چند روز بعد و با پخش اعترافات تلویزیونی یکی از زندانی‌های سازمان مجاهدین خلق مدعی شد که تیمی از این سازمان با هدف «اختلاف‌افکنی میان شیعیان و مسیحیان و اهل سنت» دست به این اقدامات زده‌اند.
در موضوع قتل‌های زنجیره‌ای نیز گرچه نهایتا با اطلاعیه وزارت اطلاعات، «نیروهای خودسر» این وزارتخانه به عنوان عامل این جنایات معرفی شدند ولی با درز فیلم اعتراف‌گیری از متهمان این قتل‌ها و شکنجه و اعتراف‌گیری از آن‌ها، ابهامات فراوانی درباره رقم واقعی و چگونگی این قتل‌ها، عاملان، آمران و مطلعین آن ایجاد کرده است.
همچنین در مرداد ۱۳۷۵ ماجرای سفر نویسندگان به ارمنستان و تلاش برای انداختن اتوبوس حامل ۲۳ نفر از چهره‌های فرهنگی و ادبی ایران رخ داد. این چهره‌های فرهنگی قرار بود به دعوت کانون نویسندگان ارمنستان برای شرکت در برنامه شب‌های فرهنگی به این کشور سفر کنند. بعدتر و در جریان رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره‌ای بخش‌هایی از اعترافات متهمان به این قتل‌ها درباره قصدشان برای حذف این نویسندگان مطرح شد ولی وزارت اطلاعات ایران هیچ‌گاه مسئولیت این اقدام را به طور رسمی برعهده نگرفت.
با پخش مصاحبه مازیار ابراهیمی و روشن شدن ابعاد پرونده‌سازی و شکنجه وی از سوی وزارت اطلاعات، این وزارتخانه برای شفاف‌سازی نقشش در سناریوهای امنیتی چند دهه اخیر تحت فشار افکار عمومی قرار گرفته است.
علاوه بر افشای سناریو‌سازی‌های جعلی، وزارت اطلاعات ایران در روزهای اخیر با اتهام متعدد فساد اقتصادی مدیران و کارکنانش از سوی نیروهای نزدیک به علی خامنه ای نیز روبه‌رو بوده است.
