محسن هاشمی، فرزند اکبر هاشمی رفسنجانی روایت جدیدی از مرگ پدرش بیان کرد. او درباره مرگ پدرش که ابهامات زیادی در مورد آن مطرح است، گفت: «پزشکان می‌گویند آب در ریه آیت‌الله هاشمی نبوده و پاسدارها می‌گویند ایشان کمی نبض داشته است. دکتر احیا می‌گفت ایشان موقعی که رسید تقریباً هیچ نبض و علائم حیاتی نداشته که این «تقریباً» لغت مشکوکی است.»

پسر بزرگ اکبر هاشمی رفسنجانی در گفتگو با اعتماد آنلاین، بیان درگذشت طبیعی پدرش را «سیاست نظام» عنوان کرد و افزود: بعد از اولین جلسه پزشکی مشخص شد سیاست نظام و حاکمیت این است که فوت آیت‌الله هاشمی طبیعی است و هنوز هم این سیاست ادامه دارد. گفته می‌شود خانواده اجازه کالبدشکافی نداده، در صورتی که این موضوع نه با ما مطرح شد و نه ما درخواستی کردیم.

او در ادامه در رابطه با بررسی دلایل مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی گفت: «حتی به محل فوت هم کسی نرفته است. چرا که اصولاً وقتی اتفاقات این‌چنینی می‌افتد باید به محل بروند و دوربین‌ها را پلمب کنند. بالاخره از نظر حاکمیت این فوت طبیعی بود اما در جامعه چنین برداشتی نسبت به موضوع نیست. ما هم ایرادمان این بود که محافظین از همان ابتدا باید بازجویی شوند که چرا آمبولانس نبوده است؟ بعد از فوت آیت‌الله هاشمی کسی به محل فوت او نرفته بود و نگذاشتند فیلم‌های باغ و استخر را ما هم ببینیم.»

اکبر هاشمی رفسنجانی از جهاتی یکی از خبرسازترین چهره‌های تاریخ چهل و اندی ساله جمهوری اسلامی ایران است؛ مردی که با مرگش نیز همچنان اخبار و اتفاقات پیرامون او حاشیه‌ساز می‌شود و هر از گاه همانند ققنوسی سر از خاکستر بر‌می‌آورد و خاطره حضور خود را در عرصه سیاست، یادآور می‌شود. 

در پنجمین سالگرد درگذشت او، بحث چگونگی مرگ او همچنان مورد توجه افکار عمومی قرار دارد.

 اکنون اما هسته سخت قدرت در فاصله پنج سال از مرگ هاشمی، دولت، مجلس و قوه قضائیه را به مانند سایر نهادهای انتخابی و انتصابی قبضه کرده است و خیز بلندی هم برای رهبری بعدی برداشته است. 

اما اختلافات گسترده هاشمی و علی خامنه‌ای این شائبه را ایجاد کرده است که گویا مرگ او با برنامه قبلی صورت گرفته است.

 فائزه هاشمی  در مصاحبه‌های خود تلویحا به اختلافات میان آقای هاشمی و رهبری در سال‌های پس از ۸۸ اشاره می‌کند؛ نکته‌ای که جعفر شیرعلی‌نیا، نویسنده کتاب «زندگی و زمانه آیت‌الله هاشمی رفسنجانی» نیز بر آن صحه می‌گذارد. از جمله آن اختلافات، بحث رابطه با آمریکاست که آقای هاشمی رفسنجانی قبل از فوت روح‌الله خمینی به دنبال حل آن بود و در خاطرات و روزنوشت‌هایش به آن اشاره کرده است. یک سال بعد از فوت آقای خمینی و «رهبر» شدن آقای خامنه‌ای و وقتی مذاکرات پشت پرده آقای هاشمی و خامنه‌ای نتیجه نمی‌دهد، معاون پارلمانی وقت او (عطاءالله مهاجرانی) در ۱۱ خرداد ماه سال ۱۳۶۹ در یادداشت کوتاهی پیشنهاد مذاکره مستقیم با آمریکا را می‌دهد. آن پیشنهاد با واکنش تند آقای خامنه‌ای روبه‌رو می‌شود تا تلاش‌های هاشمی و تیمش برای گشودن راهی در این زمینه نتیجه‌ای نبخشد. اختلاف نظر بین آقای هاشمی و خامنه‌ای در این زمینه تا سال‌ها ادامه داشت و حتی جعفر شیرعلی‌نیا در کانال تلگرامی‌اش به بحث داغ رهبر و هاشمی در این زمینه اشاره می‌کند و می‌نویسد: «پس از چند ساعت بحث به تفاهمی نرسیدند و آقای هاشمی می‌گوید در گفت‌وگو با رهبری گفته است، بالاخره در روز قیامت از من و شما می‌پرسند که چرا این همه ضرر و مشکلات برای نظام و مسلمانان ایجاد شد. اگر اینها را بر عهده می‌گیرید، من دیگر حرفی ندارم. ایشان هم گفت، بله، جواب خدا با من باشد.»

هاشمی شاید تنها فردی بود که از اختلافات خود با آیت‌آلله خامنه‌ای به صورت علنی سخن می‌گفت و در روزنوشت‌ها و خاطراتش نیز این اختلاف نظرات را منتشر می‌کرد، و حتی در بخش‌هایی از سخنرانی‌های سال‌های بعد از ۱۳۹۲ و انتخابات ریاست جمهوری به گوشه‌هایی از آن موارد اشاره، و تاکید می‌کرد که «ما درباره بسیاری از موارد بحث طلبگی می‌کنیم، اما چون ایشان ولی فقیه است من به رغم آن که در اموری قانع نمی‌شوم، اما اطاعت می‌کنم.»