با شروع شیوع کرونا در ایران و وخیم شدن وضع زندان‌های ایران به دلیل نبود امکانات مناسب بهداشتی، بحران زندانیان محبوس در زندان‌های ایران بدل به بحرانی جدی شد که حتی واکنش نهادهای بین‌المللی حقوق بشری را نیز در پی داشت. 

از سوی دیگر در همان بدو بحرانی شدن شرایط زندان‌های ایران، مدعی شدند که وضعیت زندانیان در ایران تحت کنترل است و سخنگوی قوه قضاییه گفت که «وضع زندانیان امنیتی از دیگر زندانیان بهتر هم هست». 

با این وجود قوه قضاییه با صدور بخش‌نامه‌هایی موجبات آزادی و یا مرخصی برخی زندانیان را فراهم آورد. شرایطی که البته شامل حال بسیاری از زندانیان عقیدتی و سیاسی نمی‌شد. جمعی از خانواده‌های زندانیان با نوشتن نامه‌ای به رئیس قوه قضاییه خواستار اعطای مرخصی و یا موافقت با آزادی مشروط این محبوسان شدند. 

در میانه‌ اعتراض خانواده‌های زندانیان به شرایط نگهداری عزیزان خود سازمان گزارشگران بدون مرز در بیانیه‌ای ضمن ابراز نگرانی نسبت به وضعیت زندانیان عقیدتی با یادآوری نامه خانواده زندانیان سیاسی به قوه قضاییه درباره احتمال شیوع ویروس در زندان‌ها و ابراز نگرانی از سلامت زندانیان، نوشته بود: «جمعی از خانواده‌های زندانیان سیاسی با انتشار نامه‌ای از مقامات قضایی به منظور جلوگیری از وقوع یک فاجعه انسانی خواهان آزادی یا حداقل مرخصی قابل قبول زندانیان تا پایان دوران بحران شده‌اند.» 

در بیانیه سازمان گزارشگران بدون مرز به رفتار خشن ماموران زندان با نرگس محمدی در هنگام انتقال به زندان زنجان نیز اشاره شده بود. 

کمی بعدتر مادر نرگس محمدی با نوشتن نامه‌ای خطاب به رئیس قوه قضاییه جمهوری اسلامی از وضعیت بد روحی و جسمی فرزند خود نوشت. 

عذرا بازرگان، مادر نرگس محمدی، در نامه خود خطاب به ابراهیم رئیسی با اشاره به ادعای سخنگوی قوه قضاییه مبنی بر اینکه «وضعیت زندانیان امنیتی به مراتب از بقیه زندانیان بهتر است» نوشته بود: «من مادر نرگس محمدی هستم. دختر من سوم دی ماه، پس از ضرب و شتم توسط رییس زندان اوین به زندان زنجان فرستاده شد و اکنون در میان زندانیان جرایم عادی نگهداری می‌شود.» 

او در نامه خود به ابراهیم رئیسی درباره وضعیت زندان زنجان نوشته بود: «این زندان از لحاظ بهداشتی در نازلترین حد است؛ ظرف‌ها در یک گودال سیمانی کثیف و کهنه در داخل حمام شسته شده و با خرید مواد ضدعفونی حتی با خرج دخترم موافقت نمی‌شود. نرگس زیر فشار بازجویی‌های طولانی و حبس در سلول‌های انفرادی دچار بیماری‌های گوارش، اعصاب، و مری شده و طی دوران تحمل حبس سه بار تحت عمل جراحی سنگین قرار گرفته است.»

حالا و پس از گذشت نزدیک به سه ماه از ارسال نامه مادر نرگس محمدی به رئیس قوه قضاییه، محمود بهزادی‌راد، وکیل مدافع نرگس محمدی می‌گوید «در خصوص انتقال خانم محمدی به تهران و آزادی مشروط و مرخصی او به دادستان عمومی و انقلاب تهران نامه‌ای ارسال کرده‌ایم اما متاسفانه پاسخی از سوی دادستانی داده نشده و همچنان منتظر تصمیم دادستان هستیم».

محمود بهزادی‌راد، وکیل مدافع نرگس محمدی در گفت‌وگو با خبرنگار ایلنا گفته است:« درباره عفوها به خصوص عفو عید فطر تصمیم‌گیری‌های موردی گرفته می‌شود و به برخی عفو و برخی از زندانیان مرخصی داده می‌شود و امیدواریم که هفته آینده این عفوها شامل بقیه زندانیان نیز شود».

نرگس محمدی در دادگاهی به ریاست قاضی صلواتی، به اتهام «اجتماع و تبانی به قصد ارتکاب جرم علیه امنیت کشور» به پنج سال حبس، به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به یک سال حبس و در مورد اتهام «تشکیل و اداره گروهک غیرقانونی لگام» به ۱۰ سال حبس محکوم شده بود.

مهرماه سال ۹۵ دادگاه تجدیدنظر استان تهران، حکم ۱۶ سال زندان دادگاه بدوی نرگس محمدی را تأیید کرد. این فعال حقوق بشر با شرایط سخت و برخوردهای خشن ماموران به زندان زنجان منتقل شد و هم‌اکنون در حال گذراندن دوران محکومیت خود است.