با خروج ایالات متحده آمریکا از افغانستان، توان نظارتی واشینگتن بر این کشور به شدت کاهش یافته و این وضعیت نگرانی‌ها درباره احیای فعالیت شبکه القاعده را افزایش داده است.
بیل راجیو، پژوهشگر ارشد در بنیاد دفاع از دموکراسی‌ها در آمریکا، می‌گوید رژیم طالبان در افغانستان حامی شبکه القاعده است. او در گفتگو با رسانه آمریکایی دیلی کالر گفت: «تهدید تروریسم، که از افغانستان نشئت می‌گیرد، اکنون بسیار بیشتر از دوران پیش از ١١ سپتامبر است، زیرا طالبان اکنون کنترل کامل افغانستان را در اختیار دارد، منابع یک دولت را در دست دارد و به القاعده اجازه داده است زیرساخت‌های تروریستی بزرگی همچون اردوگاه‌های آموزشی، خانه‌های امن و مدارس مذهبی تاسیس کند. القاعده اکنون زمان، فضا و منابع لازم را دارد تا نسل جدیدی از تروریست‌ها را جذب کند و آموزش دهد و حمله بعدی‌اش را طراحی کند.»
راجیو با استناد به گزارش دفتر بازرس ویژه آمریکا برای بازسازی افغانستان (سی‌گار) تاکید می‌کند که افغانستان به پناهگاه امن تروریست‌ها تبدیل شده است و خود طالبان نیز یک گروه تروریستی شناخته می‌شوند. او افزود: «طالبان همیشه از متحدان تروریستی خود، بهویژه القاعده، حمایت می‌کند. همین وضعیت درمورد توزیع سلاح و تجهیزات آمریکایی نیز صادق است. اتحاد میان این دو گروه همیشه عمیق بوده است.»
او همچنین هشدار داد: «با اینکه رهبران سیاسی آمریکا از جنگ با تروریسم عبور کرده‌اند، اما دشمنان ما هنوز این جنگ را رها نکرده‌اند.»
در نخستین دوره حاکمیت طالبان در نیمه دوم دهه ۹۰ میلادی، این گروه نتوانست کل افغانستان را تحت کنترل خود درآورد. بخشی از مناطق شمالی افغانستان بهویژه پنجشیر، تحت کنترل مجاهدین به رهبری احمدشاه مسعود، قهرمان ملی افغانستان، قرار داشت و ائتلاف مجاهدین که به نام «ائتلاف شمال» شناخته می‌شد، جدی‌ترین تهدید علیه حکومت طالبان آن زمان بود. اما در دور دوم حاکمیت طالبان، آنها کل استان‌های افغانستان را در کنترل خود درآوردند و این موضوع نگرانی‌ها درباره گسترش فعالیت‌های تروریستی را افزایش داده است.
با پایان ماموریت نظامی آمریکا در افغانستان در ماه اوت ٢٠٢١، میلیاردها دلار تجهیزات و تسلیحات ساخت آمریکا، که به حکومت پیشین افغانستان داده شده بود، به دست طالبان افتاد. با تسلط مجدد طالبان بر این کشور، این جنگ‌‌افزارها در اختیار این گروه قرار گرفت.
گروه‌های تروریستی و جنگجویان خارجی، که علیه حکومت پیشین و نیروهای بین‌المللی دوشادوش طالبان جنگیده بودند، نیز به بخشی از این تسلیحات دست یافتند. طالبان این تجهیزات را تحت عنوان «غنیمت جنگی» و برای تشویق به این جنگجویان می‌داد.
در روند سقوط پی‌درپی استان‌ها به دست طالبان، حجم وسیعی از تسلیحات و تجهیزات نظامی از پاسگاه‌ها، قرارگاه‌ها و حتی سپاهیان ارتش سابق ناپدید شد. گزارش‌های مستندی نیز وجود دارد که برخی از این تسلیحات اکنون در اختیار ستیزه‌‌جویان منطقه‌ای قرار گرفته است.
در دوره نخست حکومت طالبان، شبکه القاعده روابط ایدئولوژیک نزدیکی با این گروه برقرار کرده بود، تا جایی که حتی پس از حملات یازدهم سپتامبر به خاک آمریکا، ملا عمر، بنیان‌گذار تحریک طالبان افغانستان، از تحویل اسامه بن لادن، رهبر وقت القاعده، به آمریکا خودداری کرد. همین امر به مداخله نظامی آمریکا در راس یک ائتلاف جهانی و سرنگونی سریع رژیم طالبان منجر شد.
پس از آن، ایالات متحده عملیات‌های گسترده‌ای را برای تعقیب و هدف قرار دادن اسامه بن لادن و دیگر اعضای ارشد القاعده در افغانستان به راه انداخت. بن لادن سرانجام در سال ۲۰۱۱ در عملیات نیروهای آمریکایی در منطقه «ایبت‌آباد» در ایالت خیبرپختون‌خوا پاکستان کشته شد. همچنین ایمن الظواهری، جانشین بن لادن و رهبر القاعده، در ٣١ ژوئیه ٢٠٢٢ در منطقه وزیر اکبر خان کابل هدف هواپیماهای بدون سرنشین آمریکا قرار گرفت و کشته شد. با این حال، طالبان کشته شدن او در افغانستان را انکار کردند.
براساس توافقنامه دوحه، که در فوریه ۲۰۲۱ میان طالبان و ایالات متحده آمریکا امضا شد، طالبان تعهد کرده بودند که به هیچ گروه تروریستی ازجمله شبکه القاعده اجازه ندهند از خاک افغانستان برای فعالیت‌های تروریستی استفاده کند. با این حال، این تعهد در عمل متزلزل است و چندین مقام ارشد طالبان از القاعده تمجید کرده‌اند.
عبدالطیف منصور، وزیر انرژی و آب طالبان، پیش‌تر گفته بود که القاعده گروه تروریستی نیست، بلکه آنها «برادرانشان» هستند. چنین موضع‌‌گیری‌هایی نشان‌‌دهنده همدلی عمیق طالبان با القاعده، بهویژه در میان مقام‌های بلندپایه این گروه است.
با اینکه طالبان در توافقنامه دوحه بر قطع رابطه با القاعده تاکید کرده بودند، اما هیچ‌‌گونه اقدام عملی علیه این گروه انجام نداده‌اند. پس از حاکمیت مجدد طالبان، تنها عملیات آنان علیه شاخه خراسان گروه دولت اسلامی موسوم به «داعش» بوده است. در نظر طالبان تهدید داعش جدی تلقی می‌شود نه القاعده.
از سوی دیگر، ایالات متحده آمریکا پس از خروج از افغانستان دسترسی مستقیم به جغرافیای این کشور را از دست داده است و تنها توانسته از طریق هوا نظارت محدودی داشته باشد. این کاهش نظارت زمینه‌‌ساز نگرانی‌هایی در آمریکا شده است، به گونه‌ای که دونالد ترامپ، رئیس‌جمهوری ایالات متحده، چندین بار از تصمیم خروج کامل از افغانستان، بهویژه ترک پایگاه استراتژیک بگرام، انتقاد کرده است. ترامپ تاکید کرده بود که آمریکا باید همچنان در بگرام حضور می‌داشت تا بتواند کنترل موثرتری بر منطقه، بهویژه در برابر چین، داشته باشد.
