علی خامنه‌ای در پیامی به حادثه تیراندازی در شاهچراغ شیراز واکنش نشان داد و گفت: «عامل یا عاملان این جنایت اندوهبار یقینا مجازات خواهند شد.»

خامنه‌ای پس از تاکید بر مجازات عاملان گفت: «ولی داغ عزیزان و نیز هتک حرمت حرم اهل بیت علیهم‌السلام جز با جست‌وجو از سررشته‌ این فاجعه‌آفرینی‌ها و اقدام قاطع و خردمندانه درباره‌ آن، جبران نخواهد شد.»

او همچنین باز هم به نقش دشمن در این اتفاق اشاره کرد و گفت: «همه در مقابله با دست دشمن آتش‌افروز و عوامل خائن یا جاهل و غافل او وظایفی بر عهده داریم؛ از دستگاه‌های حافظ امنیت و قوه‌ قضاییه تا فعالان عرصه‌ فکر و تبلیغ و تا آحاد مردم عزیز باید ید واحده‌ای باشند در مقابل جریانی که به جان مردم و امنیت آنان و مقدسات آنان بی‌اعتنایی و بی‌احترامی روا می‌دارد.»

حادثه تیراندازی شیراز، غروب چهارشنبه پیش از نماز مغرب اتفاق افتاد. به گزارش ایرنا، در این حمله ۱۵ نفر کشته و ۲۷ نفر مجروح شدند. پس از چند ساعت نیز اعلام شد که داعش مسئولیت این حمله را بر عهده گرفته است. بیانیه داعش با وجود ابهام‌های فراوانش، در رسانه‌های جمهوری اسلامی بارها بازنشر شد تا مسئولیت اصلی این اقدام، داعش شناخته شود. این در حالی است که با توجه به مدل حمله تروریستی و همچنین نکته‌های موجود در بیانیه، کارشناسان بسیاری معتقدند این اتفاق یک پروژه امنیتی جمهوری اسلامی برای انحراف افکار عمومی از اعتراض‌ها و همچنین دلیل‌تراشی برای افزایش سرکوب‌ها است.

پیش از علی خامنه‌ای، ابراهیم رئیسی نیز در سخنرانی‌اش این حمله را به اعتراض‌های سراسری در ایران مرتبط دانست. رئیسی در سفر استانی‌اش به زنجان، با «اغتشاش» خواندن اعتراض‌های سراسری در ایران گفت: «اغتشاش و بی‌نظمی زمینه حرکت‌های تروریستی را فراهم می‌کند.»

رئیسی در ادامه گفت: «به دنبال همین اقدام‌ها، در سومین حرم اهل بیت عصمت و طهارت، حرم حضرت شاه‌چراغ، مردم بی‌گناه در حال عبادت و بندگی خدا را به رگبار بستند و بعد داعشی‌ها رسما اعلام کردند که این کار را ما کرده‌ایم.»

او همچنین تمامی مشکلات ایران را بر گردن اعتراض‌های سراسری مردم ایران انداخت و گفت: «اغتشاش و به‌هم‌ریختگی، ظلم به علم و دانش، کسب‌وکار، امنیت آرامش و مردم بی‌گناهی است که در خیابان‌ها آسیب می‌بینند و در این اتفاق‌ها به‌وضوح دست دشمن را می‌بینیم، چراکه ما به دنبال ایجاد اشتغال هستیم و دشمنان به دنبال بیکار کردن آن‌ها است.»

کاربران شبکه‌های اجتماعی حادثه تیراندازی در شاهچراغ را با حادثه بمب‌گذاری سال ۱۳۷۳ در حرم امام رضا در مشهد مقایسه کرده‌اند. از طرفی تعداد مهاجمان و برخی اشکال‌های بیانیه داعش مانند تاریخ عملیات نیز مورد توجه مردم قرار گرفت تا بیش‌ازپیش بر این تاکید کنند که جمهوری اسلامی عامل اصلی این عملیات است.