دوازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی صبح دوشنبه هفتم خرداد در حالی آغاز به کار کرد که اعضای آن در سردترین انتخابات تاریخ جمهوری اسلامی به عنوان «نمایندگی» دست یافتند. با این حال، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در پیامی به مناسبت آغاز به کار مجلس دوازدهم، ادعا کرد که هریک از اعضای این مجلس «نماینده همه ملت» ایران‌اند.

علی خامنه‌ای از نمایندگانی که در سایه نظارت استصوابی و مشارکت حداقلی به مجلس راه یافته‌اند، خواست که «تامین منافع ملی» را «کار اصلی» خود بدانند و در چارچوب نگاه کلان به مسائل کشور، امور مربوط به حوزه‌های انتخابی‌شان را پیگیری کنند.

رهبر جمهوری اسلامی با اشاره تلویحی به مشکلات اقتصادی موجود، به نمایندگان توصیه کرد از «تصویب طرح‌های آبادانی که بیرون از طاقت بودجه عمرانی کشور است»، پرهیز کنند.

علی خامنه‌ای در پیامش به اعضای مجلس دوازدهم، آنان را «تازه‌نفس، کارآزموده و مجرب» خواند و مدعی شد که این مجلس می‌تواند در افق کشور «درخشش تازه» و در مردم «امید و انگیزه» ایجاد کند.

رهبر جمهوری اسلامی در ادامه برنامه‌اش برای یکدست کردن قوا در جمهوری اسلامی و برقراری حکومت اسلامی، از اعضای مجلس دوازدهم خواست با دیگر قوا «تعامل منضبط و همدلانه» داشته باشند و در محیط عمومی کشور «همدلی و برادری» ایجاد کنند.

او در بخش دیگری از پیامش به نمایندگان توصیه کرد که از «مسابقات بی‌فایده رسانه‌ای و مجادلات مضر سیاسی» خودداری کنند.

رهبر جمهوری اسلامی بدون اشاره به تبلیغات گسترده رژیم در تشییع چندروزه ابراهیم رئیسی و همراهانش، ادعای حضور «میلیونی» مردم در مراسم تشییع را مطرح کرد و آن را «پاداش الهی» دانست. او وابستگان و حامیان حاکمیت را که در مراسم رئیسی شرکت کردند، «عموم مردم» جلوه داد و در پیامش ادعا کرد که «مردم وفادار و هوشیار در شهرهای مختلف، با گل‌باران و اشک‌باران» رئیسی و همراهانش را تشییع و «یاد شهیدان دهه ۶۰ را برای نسل جدید کشور زنده کردند و در عمل، به هزاران دروغ و تهمت و شایعه پاسخ دادند».

محمد محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر علی خامنه‌ای، متن پیام او را در نخستین روز شروع به کار مجلس شورای اسلامی در صحن علنی خواند.

دوازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی، یک هفته پس از سقوط مشکوک هلی‌کوپتر حامل ابراهیم رئیسی، رئیس دولت سیزدهم جمهوری اسلامی و مرگ او و همراهانش آغاز به کار کرد.

مجلس دوازدهم را فعلا هیئت‌رئیسه سنی متشکل از علاءالدین بروجردی، رئیس سنی، و عباس قدرتی و عبدالحسین همتی، به عنوان دبیر، اداره می‌کنند. بر مبنای گزارش رسانه‌های داخلی، تعداد حاضران اولین جلسه رسمی مجلس ۲۹۰ نفر بود و مراسم افتتاحیه با حضور شماری از مقام‌های لشکری و کشوری از جمله وزیران دولت سیزدهم برگزار شد.  

در این مراسم، محمد مخبر، سرپرست ریاست‌جمهوری، «حضور مردم در صحنه با تدبیر خامنه‌ای» را «مشکل‌گشا» خواند و با تمجید از رهبر جمهوری اسلامی گفت که به رغم کشته شدن رئیس‌جمهوری به عنوان «کلیدی‌ترین مهره اداره کشور»، در کارها «خللی» به وجود نیامد. به‌ طوری‌ که مجلس خبرگان و مجلس شورای اسلامی در موعد مقرر کارشان را شروع کردند.

سخنان محمد مخبر در صحن علنی مجلس برخی گمانه‌زنی‌ها را درباره اینکه ابراهیم رئیسی اواخر عمر با مجموعه تحت امر خامنه‌ای اختلاف‌هایی داشت، تقویت کرد. به گفته مخبر، رئیسی گاه از «برخی مسائل ناراحت می‌شد و می‌خواست حرفی بزند اما می‌گفت که اگر این کار را انجام دهم، دل آقا ناراحت می‌شود و با این جمله خودش آرامش پیدا می‌کرد و آن کار را نمی‌کرد».

نمایندگان مجلس شورای اسلامی در دوره دوازدهم پس از پایان مراسم افتتاحیه و اقتراع شعب به منظور بررسی اعتبارنامه، به مدفن روح‌الله خمینی رفتند تا با بنیان‌گذار جمهوری اسلامی «تجدید میثاق» کنند.