اداره کل اتباع و مهاجرین خارجی وزارت کشور جمهوری اسلامی ایران به مهاجران افغانستانی در این کشور هشدار داده است که تا اول تیر سال جاری نام خود را در برنامه سرشماری کشور ثبت کنند، چون پس از آن تاریخ، مهلت ثبت‌نام در طرح سرشماری تمدید نخواهد شد. به گفته اداره کل اتباع و مهاجرین خارجی، پس از تاریخ مورد نظر اگر مهاجرهای افغانستانی خود را در طرح سرشماری ثبت نکرده باشند، نه تنها از ارائه خدمات لازم به مهاجران محروم می‌شوند، بلکه ادامه حضور و اقامت‌شان در ایران غیرقانونی شناخته می‌شود و اخراج خواهند شد. 

به گفته وزارت کشور جمهوری اسلامی ایران، طرح سرشماری مهاجران افغان پس از آن روی دست گرفته شد که ابراهیم رئیسی، رئیس جمهوری اسلامی ایران، دستور ایجاد سازمان مهاجران را صادر کرد. وزارت کشور دولت جمهوری اسلامی ایران می‌گوید برای قانونمند شدن حضور مهاجران افغان در ایران، سرشماری آنان ضروری است و سازمان اتباع و مهاجران خارجی این سرشماری را انجام خواهد داد. 

به گزارش خبرگزاری فارس، وزارت کشور ایران می‌گوید مسائل و مشکلات مهاجران، از جمله اشتغال، مسکن، بیمه، و مانند آن، همه در گروی قانونمند بودن و سازمانی شدن حضور این افراد در ایران است. به باور وزارت کشور دولت جمهوری اسلامی ایران، با موج جدید مهاجرت از افغانستان، تعداد زیادی از افغان‌ها از راه‌های غیرقانونی وارد ایران شده‌اند و بررسی این وضعیت و رفع مشکلات آن، جزو وظایف نهادهای ذیربط است. 

بهرام صلواتی، رئیس «رصدخانه مهاجرت ایران»، به خبرگزاری فارس گفته است که روند سرشماری برای این است که ایران بداند چه تعدادی مهاجر افغان به این کشور وارد شده‌اند. او همچنین توضیح می‌دهد که در عین حال، باید توجه داشت که پدیده مهاجرت ابعاد زیادی دارد که دستیابی به آمار دقیق مهاجران، شناخت و نوع رسیدگی به آنان را ممکن می‌کند. به گفته صلواتی، طرح سرشماری مهاجران تازگی ندارد و تمام کشورها، از جمله آمریکا و کانادا و دیگر کشورهای مهاجرپذیر سنتی، نیز در گام اول نظام پذیرش مهاجرتی خود نخست شمار مهاجران را مشخص می‌کنند، و پس از آن به پذیرش آنان اقدام می‌کنند.

صلواتی می‌گوید از نکات مثبت این طرح، اعطای اقامت شش ماهه به مهاجران است؛ این مورد بیشتر جنبه تشویقی دارد تا آن‌ها بدون هیچ مشکلی در این روند شرکت کنند. 

با این حال، تعدادی از شهروندهای افغانستان که در حال حاضر در ایران زندگی می‌کنند، می‌گویند که این طرح برای آن است که افغان‌ها در هرگوشه ایران شناسایی شوند و هر زمانی که حکومت ایران تمایل داشت، بتواند آن‌ها را به راحتی از ایران اخراج کند. شماری از این گروه در شبکه‌های اجتماعی به دیگران هشدار داده‌اند که در طرح سرشماری شرکت نکنند، زیرا موقعیت جغرافیایی خود را افشا خواهند کرد. به باور بسیاری از افغان‌های ساکن ایران، به دلیل استمرار آمد و رفت مهاجران افغانستانی به این کشور، تعیین شمار دقیق آنان با سرشماری ممکن نیست، مگر اینکه هدف اصلی دولت جمهوری اسلامی ایران این باشد که افغان‌هایی را که هم‌اکنون در ایران حضور دارند، شناسایی کند. 

مرکز آمار ایران در گزارشی در سال ۱۳۹۵ تعداد مهاجران قانونی افغانستانی در این کشور را بیش از یک و نیم میلیون نفر (برابر با حدود ۹۶ درصد کل اتباع خارجی در ایران) اعلام کرد. بر اساس گزارش‌های منتشر شده از سوی کمیساریای عالی سازمان ملل در امور مهاجران در ایران، جمعیت اتباع افغانستانی در ایران حدود سه میلیون است که ۷۸۰ هزار تن از آن‌ها پناهنده‌اند، نزدیک به دو و نیم میلیون تن از آن‌ها مهاجر فاقد مدرک، و نزدیک به ۶۰۰ هزار تن نیز دارای گذرنامه‌اند. اما بر اساس گزارش‌ نهادهای مربوطه به مهاجران در ایران، در حال حاضر نزدیک به پنج میلیون مهاجر افغان در ایران حضور دارند. برخی آمارهای غیررسمی نیز از حضور نزدیک به هفت میلیون مهاجر افغان در ایران حکایت دارد.