با این که دولت افغانستان تلاش کرد تا بازداشت نیروهای نظامی ایران در داخل خاک افغانستان را یک اشتباه غیرعمد نشان دهد، ولی واقعیت این است که ایران به طور مدام و مستمر نوار مرز طولانی با افغانستان را زیر کنترل شدید دارد. رسانه‌های داخلی و خارجی روز سه شنبه از بازداشت دو نظامی ایرانی، که در مناطق مرزی وارد خاک افغانستان شده بودند، خبر دادند. این دو نظامی با یک ماشین لندکروزر و مسلسل سنگین وارد خاک افغانستان شده بودند.

در همین حال یکی از اعضای شورای استان فراه، در غرب افغانستان، که با ایران مرز طولانی دارد، به رسانه‌ها گفت که پس از این بازداشت، تنش در نقاط مرزی بیشتر شد. ایرانی‌ها در بازارچه مشترک با افغانستان، دوازده تن از شهروندان افغان را به گروگان گرفتند و برق وارداتی ایران به این استان نیز قطع شد. این منبع همچنین گفت که هلی‌کوپترهای ایران برای ساعات متمادی در منطقه مرزی در حال پرواز بودند. هرچند روزگذشته رسانه‌ها از رهایی این دو نیروی نظامی ایرانی خبر دادند، ولی این مساله از ابعاد حضور غیرقانونی ایران در داخل افغانستان نمی‌کاهد.

مداخله مستقیم جمهوری اسلامی با این‌که به دلیل روابط تاریخی و مشترکات فرهنگی و هویتی دیرینه میان دو کشور، همیشه از سوی افغانستان با اغماض و چشم پوشی همراه بوده، اما به‌ شدت بر وضعیت سیاسی اقتصادی افغانستان اثرگذار بوده است. بعداز ۱۹ سال حالا مشخص شده که پس از پاکستان، ایران بیشترین مداخله را در امور افغانستان دارد. ایران پس از تصمیم آمریکا برای حمله به افغانستان و صدور قطعنامه سازمان ملل متحد در این رابطه در سال ۲۰۰۱ با نگاه مثبت به حضور نیروهای نظامی ناتو در افغانستان نگاه کرد. برای ایران سقوط رژیم طالبان پذیرفتنی و دلخواه بود. همچنان که سقوط صدام در عراق نیز دلخواه ایران بود. بی ثباتی غیرقابل پیش‌بینی در افغانستان، زمینه را برای دست‌اندازی ایران در افغانستان بیشتر ازهمیشه فراهم ساخت. حضور نیروهای ناتو اما به ویژه هزاران سرباز آمریکایی که دشمن سنتی چهل ساله ایران است، برای جمهوری اسلامی قابل قبول نبود. ایران به هر صورت ممکن باید نسبت به این حضور واکنش نشان می‌داد و از راه‌های مختلف برای دور ساختن ناتو از مرزهای این کشور استفاده می‌کرد.

از سر اتفاق دو پایگاه بزرگ ناتو که در آن بیشتر نیروهای آمریکایی مستقر بودند و هستند به مرزهای ایران نزدیک‌اند. این دو پایگاه یکی پایگاه نظامی فرودگاه شیندند، در شهرستان شیندند/ سبزوار، در ۱۲۰ کیلومتری شهر هرات و دومین پایگاه در شورابک در استان هلمند قرار دارند. ایران به طور مستمر از حضور این دو پایگاه در هراس بوده است. زیرا این دو پایگاه می‌توانند به طور مداوم فعالیت‌های مرزی ایران را رصد کنند. ایران با ایجاد رابطه نزدیک‌تر با طالبان در غرب افغانستان یک سنگر حایل میان خود و نیروهای ناتو و افغان ایجاد کرده است. ادعاهای وجود دارد که تقریبا بیشتر جبهه‌های طالبان در غرب افغانستان توسط ایران تأمین مالی می‌شود. تسلیحات به دست آمده از چنگ طالبان در این منطقه نشان می‌دهد که بخشی از این تسلیحات ساخت ایران‌اند. خصوصا مین‌های ضد نفربرهای زرهی ناتو. حالا طالبان به عنوان شریک‌های استراتژیک ایران و همچنین نیروی جنگی نیابتی ایران در مقابل دولت افغانستان و نیروهای خارجی عمل می‌کنند. ایران حتی بر سیاست‌های طالبان نیز نقش اثرگذار خود را تقویت کرده است و در گفتگوهای صلح طالبان نگاهی هم به ایران دارند.

در بعد ایدئولوژیک نیز ایران در افغانستان نقش مهمی بازی کرده است. بخشی از شهروندان افغانستان پیرو مذهب تشیع‌اند و ایران با استفاده از این گزینه در پی تثبیت موقعیت‌اش در دورن حوزه قدرت نیز هست. نهادهای ایرانی زیادی با ظاهر فعالیت‌های خیرخواهانه در پی ایجاد سلطه ایدئولوژیک ایران بر شیعیان افغانستان هستند.  ایران در دوران حکمروایی حامد کرزی به طور مستمر پول فراوانی را به حساب ویژه ارگ می‌فرستاد. آقای کرزی یک‌بار در یک مصاحبه به صراحت از گرفتن پول از ایران اعتراف کرد. همچنین ایران تلاش کرده است تا با نفوذ در میان سیاست‌مداران افغان، نیروی سیاسی طرفدار خود را در درون قدرت بیشتر کند.

گزارش‌هایی در رسانه‌ها منتشر شده که حاکی از حمایت مادی ایران از چند نامزد پارلمان بوده است. حتی گفته می‌شود این نامزدان به پیروزی نیز رسیده‌اند. در کنار آن ایران تعدادی از رسانه‌های افغانستان را نیز حمایت می‌کند و این رسانه‌ها به صورت واضح سیاست‌های ایران در منطقه را منعکس می‌کنند. اینها شمه‌ای از مداخلات جمهوری اسلامی در امور افغانستان است. ایران به طور فیزیکی نیز در خاک افغانستان حضور دارد. مشاوران نظامی ایرانی هرازگاهی از سنگرهای جنگ علیه نیروهای خارجی و داخلی سر بر می‌آورند که نمونه بارز آن بازداشت همین دو نیروی نظامی ایران در خاک افغانستان است که دستگاه دیپلماتیک ایران توانست آن را فقط یک اشتباه غیرعمد نشان دهد.