طالبان در واکنش به حمله‌های اخیر نیروهای جبهه مقاومت ملی در پنجشیر و اندراب که گفته شد ضربات سنگینی به این گروه وارد کرده است، غیرنظامیان، به‌ویژه تاجیک‌های ساکن در این دو محل را بازداشت و شکنجه کردند. نیروهای جبهه مقاومت ملی، شامگاه جمعه ۱۶ اردیبهشت، با راه‌اندازی عملیاتی علیه طالبان، ۲۲ عضو این گروه را کشتند و شمار دیگری را زخمی کردند. این درگیری‌ها به‌صورت پراکنده در بخش‌های مختلف پنجشیر، به‌ویژه در دو روستای دره عبدالله خیل و تنخو در شهرستان دره و بخش‌هایی از شهرستان آبشار ( دره هزاره) هنوز جریان دارد، اما بار سنگین این جنگ روی دوش غیرنظامیان است. نیروهای جبهه مقاومت ملی پس از حمله و شبیخون به طالبان، به پناه‌گاه‌هایشان در دل کوهستان‌ها عقب نشینی کردند، اما طالبان انتقام این حمله‌ها را از غیرنظامیان می‌گیرند.

فهیم (نام مستعار) از ساکنان دره عبدالله‌خیل به ایندیپندنت فارسی گفت طالبان شماری از خانه‌های شخصی مردم، مدارس دخترانه و مراکز درمانی را به زندان تبدیل کردند و ساکنان محل را بازداشت، شکنجه و زندانی می‌کنند. فهیم افزود: «در چهار روز گذشته، نزدیک به ۲۰۰ نفر از ساکنان ولسوالی دره را طالبان بازداشت کرده‌اند. پیکرهای تیرباران‌شده حدود ۲۰ تن پیدا شد، اما بقیه ناپدید شده‌اند. طالبان به مردم اجازه نمی‌دهند دنبال اعضای خانواده‌هایشان در مزارع و باغ‌ها بروند.»

در چند روز اخیر، طالبان نیروهای بیشتری را از استان‌های پشتون‌نشینی مانند خوست، قندهار، هلمند و میدان وردک به پنجشیر اعزام کرده‎‌اند. این اقدام طالبان جنگ جاری را به یک نبرد تمام عیار قومی تبدیل کرده است. رهبری طالبان به‌دلیل بی‌اعتمادی به طالبان تاجیک‌تبار، آنان را از خطوط جنگ دور کرده و به جای آنان پشتون‌های غیر بومی را مستقر کرده‌اند.

طالبان در پنجشیر، حتی به کودکان رحم نمی‌کنند. به نقل از منابع آگاه در دره عبدالله‌خیل، شماری از خانواده‌های این روستا، از ترس اقدام طالبان به تیرباران کردن آن‌ها، با کودکانشان به کوه‌ها پناه بردند. به‌دلیل اعمال محدودیت‌های شدید از طرف طالبان، هیچ گزارشی از وضعیت خانواده‌های متواری‌شده در کوه‌ها در دست نیست. 

از بغلان نیز گزارش‌های مشابهی درباره آنچه در پنجشیر می‌گذرد به گوش می‌رسد. شب دوشنبه، نیروهای جبهه مقاومت ملی، به یک خودرو حامل نظامیان طالبان شبیخون زدند و در این حمله شش عضو طالبان کشته شدند و تجهیزات نظامی آن‌ها به دست نیروهای جبهه مقاومت ملی افتادند. طالبان در پاسخ به این حمله، با صدها نیرو به روستاهای شهرستان ده‌صلاح در اطراف اندراب حمله کردند و تاکنون بیش از ۵۰ تن از ساکنان محل را بازداشت و پنج نفر را تیرباران کردند.  ایندیپندنت فارسی توانست هویت پنج نفر از کشته‌شدگان را که همه افراد غیرنظامی بودند تایید کند. شهید آغا، نورالله، محمد جواد، محمد ذاکر و جاوید، از جمله ساکنان ناحیه قاسان بودند که تاکنون پیکرهای تیرباران‌شده‌‌ آن‌ها در مزارع و باغ‌ها کشف شده‌اند. از سرنوشت افراد بازداشت‌شده خبری در دست نیست.

روح‌الله (نام مستعار)، ساکن روستای قلعه اولنگ، به ایندیپندنت فارسی گفت افراد طالبان به خانه‌های مردم یورش می‌برند و از آنان می‌خواهند مخفیگاه نیروهای مقاومت را نشان دهند. روح‌الله افزود: «اگر مردی در خانه باشد، به اتهام عضویت در جبهه مقاومت بازداشت می‌شود، اگر مردی در خانه نباشد، اعضای خانواده به این دلیل که مرد خانواده‌شان در سنگرهای کوهستانی جبهه حضور دارد مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرند. از خانواده‌ها پول و اسلحه می‌خواهند و اگر کسی پول و اسلحه نداشته باشد، بیشتر شکنجه می‌شود».

یک پزشک که صبح روز سه‌شنبه از زندان طالبان در ده‌صلاح آزاد شد، با شرط فاش نشدن نامش گفت به اتهام عضویت در جبهه مقاومت ملی بازداشت و شکنجه شده است. او افزود: «وقتی طالبان به خانه‌ام حمله کردند، به آن‌ها گفتم من دکترم و هیچ کاری به فعالیت‌های نظامی ندارم. اسناد و شواهد نشان دادم. اما طالبان گفتند درست است که تو دکتر هستی، اما ممکن است زخمی‌های جبهه مقاومت را مداوا کنی». این فرد دو شبانه‌روز در زندان طالبان شکنجه شده است.

همزمان با درگیری‌ها در پنجشیر و اندراب، طالبان صدها نیرو به شهرستان ورسج در استان تخار نیز اعزام کردند. ساکنان محل در ورسج گفتند صبح روز سه‌شنبه، طالبان، مولوی غفوری را که از متنفذان قومی و کارمند دولت پیشین افغانستان است، به اتهام داشتن رابطه با جبهه مقاومت ملی، در محکمه صحرایی شکنجه کردند.

با وجودی که شواهد زیادی از کشتار و رفتار خشونت‌بار طالبان با ساکنان بومی پنجشیر، اندراب و تخار در رسانه‌ها بازتاب یافته است، سازمان‌های حقوق بشری و نهادهای ناظر بر اوضاع افغانستان، در این زمینه سکوت کرده‌اند.